Jan Bayer studierte Medien- und Rechtswissenschaften sowie Betriebswirtschaft in Hannover und Madison/Wisconsin. Er begann seine Laufbahn 1995 als Trainee bei der Süddeutschen Zeitung in München. 1996–1999 arbeitete er dort im Anzeigenverkauf. Nach einer Station als Verlagsleiter der Volksstimme in Magdeburg kehrte er 2002 als Leiter Controlling zur Süddeutschen Zeitung zurück, deren Verlagsleiter er 2004 wurde. 2006 wechselte er als Leiter Vorstandsbüro Zeitungen zur Axel Springer AG, wo er ab 2007 Verlagsgeschäftsführer Regionalzeitungsgruppe Hamburg und ab 2008 Vorsitzender der Verlagsgeschäftsführung WELT-GRUPPE / BERLINER MORGENPOST / HAMBURGER ABENDBLATT wurde. Seit Januar 2012 ist Jan Bayer Vorstand WELT-Gruppe und Technik.